一、核对专用发票存根联，查有无擅自开具红字发票。
按照规定，企业开具的红字专用发票，必须有对方税务机关开具的“销货退回或索取折让证明单”或有购货方退回的专用发票的“发票联”和“抵扣联”原件。在检查中：一是核实红字专用发票内容是否与“证明单”内容一致，并核实产成品、库存商品明细账有无对应记录，防止企业自行冲减销售。二是根据红字专用发票发票联上注明的原蓝字发票的记账联的存放地点，核对其红字、蓝字发票内容、金额是否一致，其红字发票的存根联、抵扣联和发票联是否撕下，其原蓝字发票的抵扣联、发票联是否粘贴在红字专用发票联的后面。如不一致，则其红字发票不得冲减当期销售。
二、核对专用发票、普通发票存根联，查有无已开票的销售货物和应税劳务收入不作销售处理。
专用发票和普通发票是计算企业销售额最主要的凭证。在检查中首先应对纳税人购、用、存发票的情况进行核实，查实发票已用的份数。其次将查实已用的发票中所列款项与相关销售账簿进行核对，对发票用量不大的企业，要逐笔进行核对，对发票用量较大的企业，要采取抽查的方法进行核对。
三、核对销售日记账和银行往来账，查有无未开票销售货物和应税劳务不作销售。
在检查中，一是要看企业销售的货物的性质是否为必须开具发票的货物销售，如果不是，要核实企业申报时有无未开票销售货物收入；二是查货物的收款方式，若以自制收款凭证，或现金销售日记账等形式收款的，应检查这部分收入是否申报纳税；三是将企业经营规模与申报未开票收入相比较，查有无少报未开票收入行为。
四、核对收据存根联，查有无价外费用未列销售。
价外费用，是指价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、包装物、包装物押金、储备费、优质费、运输装卸费、代收款项、代垫款项及其他各种性质的价外收费。价外费用无论其企业会计制度如何核算，均应按其所销售货物的适用税率，换算成不含税价格计征增值税。
在检查中要对“管理费用”、“制造费用”、“产品销售费用”、“其他应付款”、“其他业务收入”、“营业外收入”等科目的明细账进行检查。
五、核对“库存商品”或“产成品”贷方发生额，查有无应视同销售的货物而未记销售额。
在检查中要着重检查该科目贷方发生额，除正常的商品（产品）成本结算外，应逐笔核对原始凭证，看其是否将应视同货物销售的收入未记销售额，如：将商品或自产品用于捐赠、投资、职工福利以及在建工程等行为。
在对商业企业的检查中，对有“买一赠一”方式销售商品的企业，应核实企业是否将赠品按其同期同类商品销售价格申报纳税，有无直接冲减“库存商品”的行为。
六、核对抵扣凭证，查有无将不合法凭证计入当期进项税额。
合法的抵扣凭证为从销售方取得的专用发票抵扣联原件；海关进口货物完税凭证的复印件；运输部门的运输结算单据以及农产品及废旧物品收购凭证。
在检查中，一是检查抵扣凭证的真伪，有无将已停止使用的专用发票以及专用发票的复印件等列入进项抵扣；二是检查抵扣凭证的填写是否齐全、正确，税额计算是否准确；三是检查抵扣凭证是否符合增值税准予抵扣范围；四是检查抵扣凭证开具是否真实。
对有疑问的抵扣凭证应采取两种方法进行检查；一是采用就地审核方法，即通过进货企业开户银行与企业购货款划转情况或深入企业与货物出入库情况进行核对。二是采用发协查函的方法，将有疑问的抵扣联复印件传递给销货方税务机关，
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七、核对“应交税金--应交增值税（进项税额）”账户，查有无从销售方取得的各种实物和返还资金未冲减当期进项税额。
按照政策规定，自从1997年1月1日起，凡增值税一般纳税人，无论是否有平销行为，因购买货物而从销售方取得的各种形式的返还资金，均应依所购货物的增值税税率计算应冲减的进项税额。应冲减的进项税金计算公式如下：
当期应冲减进项税额＝当期取得的返还资金/( 1 + 适用税率)×所购货物适用的增值税税率
八、核对“待摊费用--期初进项税额”账户，查有无擅自抵扣进项税额。
按照政策规定，纳税人准予抵扣的期初存货已征税款，必须报经税务机关批准后，方可在当期抵扣。在检查中对“待摊费用-期初进项税额”贷方发生额要进行认真检查，对转入当期进项税额抵扣的期初存货已征税款，要核实其是否经税务机关批准，若未经批准，应从当期进项税额中转出，同时依据政策应将该笔擅自抵扣的期初存货已征税款不再转回“待摊费用-期初进项税额”。
九、核对付款凭证或入库单，查有无未付款或货物未入库而列入进项税额抵扣。
对企业抵扣凭证的核查，应严格按照商业企业付款或工业企业入库后方可抵扣的规定执行，对未付款或未入库而申报抵扣的，除调减当期进项税额外，还应在抵扣凭证上加盖“不予抵扣”单，在以后年度即使纳税人付款后也不予抵扣。
十、核对商品经营范围或仓库出库单，查有无为他人代开专用发票。
在检查中对企业开具专用发票中货物的名称，要进行认真核实，看该货物是否属企业经营范围，是否有此货物的购进，同时在检查中还应将专用发票与相应的货物出库单相核对，查实企业是否有代开专用发票的行为。
十一、核对运输结算单据，查有无非货物购进的运费以及其他费用列作运输费进行抵扣。
运费结算单据（普通发票），是指国有、民用航空、公路和水上运输单位开据的货运发票，以及从事货物运输的非国有运输单位开具的套印全国统一发票监制章的货运发票。准予计算进项税额扣除的货运发票种类，不包括增值税一般纳税人取得的货运定额发票。
在对运输结算单据的检查中，应核实企业运输结算单据中的发货人、收货人、起运地、到达地、运输方式、货物名称、货物数量、运输单价、运费金额等项目的填写是否齐全，与购货发票上所列的有关项目是否一致，否则不予抵扣。同时还应核实企业是否将杂费、保险费等其他费用一并混杂在当期进项运费额中进行税款抵扣。
十二、核对“应付福利费”、“在建工程”以及“固定资产”账户，查有无抵扣进项税额。
在检查中对有“应付福利费”账户的贷方和“在建工程”、“固定资产”账户的借方发生额的，要对其原始凭证进行检查，看是否收取了增值税专用发票，并将不应抵扣的进项税额进行了抵扣 |
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